우주에서 지구 침략에 찾아온 케로롱 별인 케로로와 4명의 부하는 언제 그랬냐는 듯 지구 생활에 길들이고 있었다. 히나타 가족에게 얹혀살면서, 은밀히 침략의 기회를 엿보고 있는 케로로는 장남 후야키와 너무나도 친해져서 오늘도 사랑하는 건프라를 사러 가게 된다. 그 귀가하는 길에 이상한 신사를 발견한 두 사람은 들어가, 그곳에 공양된 항아리를 실수로 깨뜨린다. 다음 날부터 도심에 이상 현상이 일어나고 사람들은 대혼란에 빠진다! 실은 케로로가 깬 항아리 안에는 케로롱 별의 원시 최종 무기 킬룰이 봉인되어 있었다. 이대로라면 지구는 멸망하게 될 것이다! 그 때, 킬룰의 비밀을 간직하고 있는 수수께끼의 케로롱 별인 미라라가 나타나, 지구를 구할 유일한 수단을 밝히게 되는데......
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